При работающем двигателе мигает все освещение

Очень может быть. Теперь снимайте и проверяйте сопротивление изоляции якоря. Может быть что пайка коротит на корпус. А может и кольца между собой. Или одна из щёток касается обоих колец. То есть возможны варианты. Для справки: то что Вы меняли называется коллектор.